2003年，在抗擊“非典”、各地經(jīng)貿(mào)會(huì)展活動(dòng)相繼取消的特殊時(shí)期，第五屆海交會(huì)如期順利舉辦。
2004年，澎湖地區(qū)首次組團(tuán)參展。
2005年，首次組織臺(tái)灣農(nóng)產(chǎn)品參展，并實(shí)現(xiàn)臺(tái)灣水果首次“零關(guān)稅”直航福州。
2006年，一系列惠臺(tái)先行先試政策在第八屆海交會(huì)上取得進(jìn)展：率先擴(kuò)大臺(tái)灣農(nóng)產(chǎn)品準(zhǔn)入及“零關(guān)稅”種類和范圍，直航的臺(tái)灣水果從18種增加到22種；率先恢復(fù)啟動(dòng)兩岸漁工勞務(wù)合作；率先實(shí)施臺(tái)灣居民在大陸申辦個(gè)體工商戶；國(guó)家政策性銀行首次向在閩臺(tái)資企業(yè)、臺(tái)商投資區(qū)發(fā)放開(kāi)放性貸款。
2007年，第九屆海交會(huì)上，大陸新公布的11種臺(tái)灣蔬菜、8種臺(tái)灣水產(chǎn)品等19種“零關(guān)稅”臺(tái)灣農(nóng)產(chǎn)品首次亮相；臺(tái)灣臺(tái)中等六縣市首次由地方政府組團(tuán)參展參會(huì)，海交會(huì)參展商首次拓展到臺(tái)灣本島。
